Az illóolajok alkalmazásánál van néhány fontos és megszívlelendő általános szabály, és ha ezeket betartjuk, akkor nem lehet probléma az illóolajok és illóolaj tartalmú készítmények használatakor. Van azonban néhány olyan eset, amikor a szokásosnál is jobban oda kell figyelni arra, hogy milyen formában és milyen mennyiségben használunk illóolajat.

Gyakran vetődik fel kérdésként például az, hogy mely illóolajok használhatók a várandósság idején, kisbabáknál és kisgyermekeknél, de sokakat érintő kérdés az is, hogy a magas vérnyomásos betegeknél melyek azok az illóolajok, amelyek biztonsággal használhatók. Lényegesen kevesebb embert érintő - de figyelmen kívül nem hagyható - kérdés továbbá az is, hogy használhatók-e illóolajok az epilepsziás betegek közérzetjavító és terápiás kezelésében.

Az illóolajok várandósság alatti belsőleges alkalmazását illetően (itt fokozottan érvényes, hogy csak orvosi javaslatra történjen!), általános elvként fogadott el az, hogy biztonsági megfontolásokból a magzatra kifejtett hatások pontos ismeretének hiányában valamennyi illóolaj csak nagy körültekintéssel használható, a terhesség első 4 hónapjában pedig a legbiztonságosabb kerülni a használatukat.

A masszírozásra használt illóolaj-tartalmú készítményekben (masszázsolajokban, kenőcsökben stb.) a várandósság idején történő alkalmazásra biztonságosnak tartott illóolaj koncentráció maximum 2%, abban az esetben, ha az adott készítmény a kezelés során nagy bőrfelülettel érintkezik.

A várandósság ideje alatt is biztonságosan alkalmazható olajok közé tartozik a kamilla, a római kamilla, a muskotályzsálya, a koriandermag, a gyömbér, a levendula, a narancsvirág, a pálmarózsa, a pacsuli, a petitgrain, a rózsa, a rózsafa vagy a szantálfa. A felsoroltak közül többet klinikai kísérletek keretében várandósoknál és szülésen átesett anyáknál is tanulmányoztak, elsősorban masszázst alkalmazva.

Az illóolajok és illóolajos készítmények alkalmazása kisbabáknál és gyermekeknél különös figyelmet érdemel. Az ő esetükben az adagokat testsúlyra vonatkoztatva természetesen csökkentik. Külsőleges alkalmazásnál a babáknál különös figyelemmel kell lenni, mivel bőrük rendkívül vékony, éppen ezért sokkal érzékenyebb és az áteresztő képessége is sokkal jobb (tehát az illóolajok könnyebben jutnak a szervezetbe), mint a felnőtteké.

A babáknál és kisgyermekeknél csupán néhány illóolaj (ilyen például a kamilla, a római kamilla, a levendula, a muskotályzsálya) használható nagy biztonsággal. A biztonságosan alkalmazható illóolaj koncentrációk az alábbiak: 6 hónapos korig maximum 1 %, 6-24 hónapos korig 2 %, 2-10 éves korig 3 %, 10 éves kor felett pedig 5 %.

Gyakori kérdésként vetődik fel az illóolajok alkalmazásakor az, hogy lehet-e, szabad-e illóolajokat használni alacsony- vagy magas vérnyomásos egyéneknél, ill. epilepsziás betegeknél. Az illóolajok belsőleges alkalmazásának megítélése az orvos, ill. az aromaterápiás szakember feladata!

Alacsony vérnyomás esetén ellenjavallt lehet egyes illóolajokkal, például ilang-ilanggal, levendulával, vagy majorannával végzett relaxáló masszázs; magas vérnyomás esetén pedig kerülendő egyes keringést fokozó hatással bíró illóolajok (pl. kakukkfű, rozmaring, zsálya) alkalmazása. Nincs meggyőző tudományos bizonyíték arra vonatkozóan, hogy az illóolajok inhalálva epilepsziás rohamokat válthatnak ki, de ajánlatos kerülni az erősebb illatú kámforfa-, rozmaring-, eukaliptusz- és teafaolajok használatát.

Az illóolajok aromaterápiás masszázshoz és aromafürdőhöz való használatával az "Aromafürdő, illóolajos masszázs és borogatás" című cikk foglalkozik.